El Consejo Científico está integrado por investigadores españoles y extranjeros de reconocido prestigio internacional. El mandato de sus miembros es de cinco años, pudiendo ser reelegidos en periodos adicionales de la misma duración. La función del Consejo Científico es velar por la calidad científica y la excelencia de todas las actividades del Instituto. El Consejo Científico es un órgano esencialmente consultivo, que realiza sugerencias y observaciones sobre las líneas de investigación, el personal, las actividades académicas, y los programas de posgrado del Instituto Carlos III – Juan March.
En la actualidad está conformado por Delia Baldassarri (NYU), Pablo Beramendi (Duke University), Catherine De Vries (Bocconi University), Juan Diez Medrano (UC3M), Sandra González-Bailón (University of Pennsylvania), Robert Fishman (UC3M), Stathis Kalyvas (University of Oxford), Isabela Mares (Yale University), y Yasemin Soysal (WZB)
